LTS下编译安装,Babel和Python语言绑定

作者: 韦德国际1946  发布:2019-05-31

一、Open Babel简介

Open Babel是一款开源自由软件,使用Open Babel可以将一种文件类型化学结构转换来另1种文件结构。当在工作中要求用到同1个布局差异品种的文件时极其好用。

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不久前 Python 3 公布了新本子 Python 3.陆.0,好像又参预了过多黑法力!~

LTS下编译安装,Babel和Python语言绑定。鉴于新型Ubuntu的官方源上的svn版本是1.6,和eclispe下面的subclipse插件版本对svn版本必要为一.七有不适合的地点,越发是javahl的库导致今后eclipse使用起来很bug,未来能够运用其余人自个儿包装的svn1.⑦来进展尝试,相关仿效见下:http://steveliles.github.com/subversion_1_7_eclipse_integration_in_[Ubuntu](http://www.linuxidc.com/topicnews.aspx?tid=2).html

二、Open Babel的安装

由于未有找到Open Babel的2进制包,所以只可以通过源码编写翻译安装,Ubuntu 14.04 LTS下源码编写翻译安装须要经过一下步骤

Open Babel是二个那多少个可观的帮忙多样分子格式的开源软件,同期能够举办二D 3D格式的转变,也足以编写脚本。编写翻译安装格局如下:

由于最近不能够选取 apt-get 的办法安装 Python 三.陆,所以照旧平昔编写翻译源码安装吧。

  1. Adddominik's repository: sudo apt-add-repositoryppa:dominik-stadler/subversion-1.7

  2. Updateapt: sudo apt-get update

  3. Installlibsvn-java: sudo apt-get install libsvn-java

  4. Installsubversion 1.7: sudo apt-get install subversion

一、计划专门的工作
  1. 下载源码包,openbabel-二.三.一版本
    下载地址
  2. c 编写翻译器和cmake策画
    c 编译器供给GCC 四以上版本只怕MSVC 二零零六,只怕Clang和英特尔 1一
    cmake要求CMake 二.四上述版本
  3. 可选计划项
    出于自个儿想要安装Open Babel的python语言扩大,所以要求设置Eigen 2python-dev在ubuntu下能够利用包管理工科具apt-get来安装
$sudo apt-get install python-dev
$sudo apt-get install libeigen2-dev

合法教程:点本人翻看
先下载最新的版本:点小编下载
解压缩:

官方网址络提供了 Mac 和 Windows 上的安装包和 Linux 上安装需求的源码。

留意本身编写翻译svn的代码最终一定要运转sudoldconfig

贰、编写翻译安装

将下载好的源码包解压缩

$ tar -zxvf openbabel-2.3.1.tar.gz   # 这条命令将会创建一个名叫openbabel-2.3.1的文件夹
$ mkdir build
$ cd build

接下去要做的是cmake, 由于本人要安装Python扩大,所以小编的cmake选项后有万分的参数

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DPYTHON_BINDINGS=ON    

那样的话就能够设置python扩大了,按那条命令cmake之后您的openbabel最终会安装在/usr/local/目录下,所以最后索要一流权限,假使未有得以在前边加参数确定安装地点

$ cmake ../openbabel-2.3.1 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/openbabel -DCMAKE_BUILD_TYPE=DEBUG -DPYTHON_BINDINGS=ON   

上边命令的意趣是小编要把openbabel安装在home下openbabel目录下, 同期设置python扩充。
接下去便是make了

$ make
# 如果你的cpu是多核的,你可以使用多核加速编译
$ make -j4
# 这条的意思是使用四个核同时make,速度会快不少哦,后边数字要符合你自己的硬件

最终正是设置了

$ sudo make install

鉴于自家是暗中认可安装,所以要求一级权限,要是您是装在home下能够直接make install

接下去大家在python中看看是还是不是中标
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假如没有报错就没难点了,不过若是您出现了类似上面的谬误
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那么就必要您在您的.bashrc文件中声圣元(Synutra)个景况变量了

#open babel
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib

把下面的语句增添到您的.bashrc文件中同不常间source壹转眼就好了

本文永世更新链接地址:http://www.linuxidc.com/Linux/2017-01/139569.htm

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tar zxf openbabel-2.3.2.tar.gz 

# (this creates openbabel-2.3.2)

mkdir build

https://www.python.org/downloads/release/python-360/

编写翻译代码的历程(请参照INSTALL文书档案,然后再以小编那么些为参谋):

cmake创设软件:

安装

wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.0/Python-3.6.0.tar.xz

xz -d Python-3.6.0.tar.xz

tar -xvf  Python-3.6.0.tar

cd Python-3.6.0

./configure

make

sudo make install
  1. make distclean 清除以前全体的成形的文书包涵makefile

  2. ls -l /usr/local/lib/libsvn* 查看lib目录下有关svn相关的库的编写翻译时间最佳是联合时间编写翻译安装的不然不要随便运转下一步删除

  3. sudo rm /usr/local/lib/libsvn* 删除从前本身编写翻译安装的svn相关的库文件

  4. ./autogen.sh 重新检查布署,并生成新的configure

  5. ./configure --enable-maintainer-mode –enable-javahl 进行make在此以前的意况检查,检查需求的库重视是还是不是齐备,不齐全的话,请先apt-cachesearch 然后apt-getinstall 对应的库文件,–enable-javahl那些是为着编写翻译javahl相关的库正视做筹划

  6. make -j贰 external-all 那些不驾驭干啊的(测试未有出口,应该张开局地简短测试呢)

cd build

cmake ../openbabel-2.3.2

测试:

$ python3.6 --version
Python 3.6.0

测试多少个新的语法特性:

# Formatted string literals
>>> name = 'Ray'                                    
>>> f"Hello {name}."       
'Hello Ray.'

功效相当于

>>> name = 'Ray'       
>>> "Hello {name}.".format(name=name)
'Hello Ray.'
# Underscores in Numeric Literals
>>> a = 1_000_000_000_000_000
>>> a
1000000000000000
>>> '{:_}'.format(1000000)
'1_000_000''1_000_000'
# Enum.auto
>>> from enum import Enum, auto
>>> class Color(Enum):
...     red = auto()
...     blue = auto()
...     green = auto()
... 
>>> list(Color)
[<Color.red: 1>, <Color.blue: 2>, <Color.green: 3>]

合法的文书档案描述如下:

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